Xã Long Mỹ được thành lập vào ngày 23 tháng 7 năm 1999 trên cơ sở 1.275,03 ha diện tích tự nhiên và 3.012 người của xã Phước Long Hội cũ[1]. Khi mới thành lập, xã thuộc huyện Long Đất.

Ngày 9 tháng 12 năm 2003, huyện Long Đất được chia thành hai huyện Long Điền và Đất Đỏ[4], xã Long Mỹ thuộc huyện Đất Đỏ như hiện nay.